میکروبیولوژی دانشی است که درباره ریزسازوارهها یا جانداران بسیار ریزبحث و گفتگو میکند. جاندارانی که در میکروبیولوژی بیشتر بررسی میشوندشامل پروکاریوتها ( باکتریها)، ویروسها، و یوکاریوتهایی مانند قارچ و تکسلولیها یا پروتوزوآها میباشد.
پروکاریوتها ریزسازوارههایی هستند که دیانآ آنها بطور فیزیکی از سیتوپلاسم جدا نشده است.

علممیکروبیولوژی از سال ۱۶۷۴ هنگامی که آنتوان لوون هوک، با عدسیشیشهای خوددنیایی از موجودات ریز را در قطره آب برکه مشاهده کرد. دراواخر قرن ۱۷نظریه تولید خودبخودی مورد بحث قرار گرفت. در این زمانبسیاری از دانشمنداناز جمله فرانسیکو ردی،فکر میکردند میکروارگانیسمها از مواد غیر زندهایجاد شدهاند. در سال۱۷۶۶ اسپالانزانی نتیجه گرفت که میکروبها از هوایغیرسترون وارد محلولهایغذایی شده و آنها را فاسد میکنند. دو ابرمرد دنیایعلم که به کنار گذاشتننظریه خلقالساعه کمک شایانی کردند شیمیدان فرانسویبه نام پاستور و پزشک انگلیسی به نام تندال بود. در ۱۰۰ سال گذشته میکروبشناسان موفق به دریافت چند جایزه نوبل شدهاند.
خاک یکی از مکانهایعمده ریزاندامگانها(میکروارگانیسمها) محسوب میشود. فراوانترینریزاندامگان در خاک، باکتریهاهستند. خاک باغچه در هر گرم محتوی میلیونهاباکتری است. در جاهای عمیقتعداد آنها کاهش مییابد. قارچها به تعداد کمتراز باکتریها در خاک یافتمیشوند. شاید مهمترین نقش میکروارگانیسمهای خاک،شرکت آنها در چرخههایبیو- ژئوشیمیایی است که به گردش برخی عناصر شیمیاییدر طبیعت کمک کرده وآنها را قابل مصرف میسازد. میکروبیولوژیستها در اینزمینه تحقیقات زیادیانجام دادهاند. خاک دارای باکتری های تثبیت کنندهًازت میباشد که ازجمله میتوان به ازتوباکتر و نیتروزموناس اشاره کرد. خاکهمچنین حاویمیکروبهای بیماریزا است که عامل بیماری کزاز یعنی کلستریدیومتتانی یکی ازآنهاست .

در میکروبیولوژی آب، ریزاندامگان ها(میکروارگانیسمها) و فعالیت آنها درآبهای طبیعی نظیر دریاچهها، برکهها،رودخانهها و دریاها مورد مطالعهقرار میگیرد. و میکروارگانیسمهای مفید ومضر برای انسان و سایر جاندارانشناسایی میشوند.
میکروارگانیسمهاتغییرات مطلوب و نامطلوب در مواد غذایی پدید میآورند. واز طرف دیگر تهیهبسیاری از فرآوردههای غذایی بدون کمک میکروارگانیسم ها،امکانپذیر نیست.مانند کلم شور، زیتون رسیده و پنیر. اسیدهای حاصل توسطمیکروارگانیسم ها واضافه کردن آنها به مواد غذیی مانند خیار شور آنها رااز گزندمیکروارگانیسم های نامطلوب حفظ میکند. این بخش از میکروبیولوژی،امروزهکاربرد زیادی دارد.

مواد دارویی موادی هستند که برای درمانبیماریهای عفونی یا جلوگیری از وقوع بیماری بکار میروند. این موادمعمولاً از باکتریها و قارچهابدست میآیند و اخیرا برخی از آنها را درکارخانجات میسازند. از موادشیمیایی هنگامی میتوان برای درمان بیماریهایعفونی استفاده کرد که دارایاثر سمی انتخابی باشند. یعنی ضمن متوقف کردنرشد یا نابودی عامل مولدبیماری، به سلول میزبان آسیبی نرسانند. علاوه برسمیت انتخابی، داروهاباید بتوانند به داخل بافتها و سلولهای میزبان نفوذکننده و تغییری درمکانیزم دفاعی طبیعی میزبان بوجود نیاورند. از عوامل ضدمیکروبی میتوانبه آنتی بیوتیکها اشاره کرد.
ارتباط میکروبیولوژی باسایر علوم میکروبیولوژی یک علم کاربردی است کهبا بسیاری از شاخههای علومرابطه نزدیک دارد. از جمله میتوان به ژنتیک، پزشکی، زیستشناسی سلولی،انگل شناسی، قارچشناسی پزشکی و بیوشیمی اشاره کرد.